Todo animal está identificado desde el momento de ingreso al sistema ya sea por nacimiento o por compra.
Los animales reproductores de la explotación están identificados individualmente, con un sistema legible, duradero y seguro, mediante el uso de aretes. Las hembras llevan el arete en la oreja derecha y los machos en la oreja izquierda.
La identificación de los animales destinados a la producción de carne se hace por lotes, al momento del destete. El sistema de identificación empleado asegura su recuperación al momento del sacrificio animal.
Al recibir animales se comprueba que van acompañados del correspondiente Certificado Sanitario de Tránsito Interno, y que las identificaciones reseñadas se corresponden con la de los animales. No se aceptan animales no identificados, identificados incorrectamente o con una identificación que no se corresponda con la reseña de los documentos.
Los animales sometidos a análisis de los planes oficiales de control, erradicación o serovigilancia, se encuentran individualmente identificados mediante muesqueo en las orejas. Se mantiene registros y archivos de estas y otras actuaciones, inspecciones y controles oficiales (entrega de documentos sanitarios, vacunas, etc.).